کنترل آلودگی هوا از دغدغه های اصلی شرکت پالایش نفت اصفهان در زمینه حفظ محیط زیست است. این شرکت سالهاست با ساخت مجتمع بنزین سازی تمام ۱۲ میلیون لیتر بنزین تولیدی خود را که مطابق با استاندارد یورو ۵ است، به منظور توزیع در ۱۶ استان به شرکت ملی پخش فرآورده های نفتی تحویل می دهد. ضمن اینکه در حال حاضر با هدف نگاهداشت محیط زیست استان و تأمین سوخت واحد اتوبوسرانی از ۲۰ میلیون لیتر گازوئیل تولیدی، ۴ میلیون لیتر آن را طبق استاندارد یورو ۵ تولید می کند که البته با اتمام طرح تصفیه گازوئیل شرکت که در سال ۱۴۰۱ به انجام می رسد تمام گازوئیل تولیدی، یورو خواهد شد.
پروژه نصب آنالایزرهای آنلاین بر روی خروجی دودکش¬ها بر اساس توافق با اداره کل محیط زیست استان و ارسال آنلاین اطلاعات، بهره برداری از دو دستگاه بویلر با امکان پیشگرمکن هوای ورودی و کاهش سوخت مصرفی، پروژه خرید ۵ دستگاه پایش آنلاین VOC (BTEX) به جهت اندازه گیری و ارسال آنلاین اطلاعات به سازمان حفاظت محیط زیست، نصب سلهای خورشیدی به منظور کاهش مصرف سوختهای فسیلی و جایگزینی گازهای دوستدار لایه ازن با هالون ها و فرئون های مخرب لایه ازن در سیستم های اطفاء حریق و سیستمهای سرمایشی از دیگر طرح های بخش کنترل آلودگی هوا است. نگهداشت فضای سبز به وسعت ۵/۱۱۴ هکتار در جهت پالایش آلاینده های هوا از نمونه کارهای دیگر شرکت محسوب می شود؛ در حالی که استاندارد فضای سبز در صنایع ۲۵ درصد است، حدود ۳۳ درصد محیط این شرکت را فضای سبز احاطه کرده است.
از دیگر طرح های شرکت پالایش نفت اصفهان می توان به موارد دیگری اشاره کرد: طرح بهبود فرآیند با هدف تولید انواع فرآورده های نفتی مطابق با استانداردهای روز دنیا، بهره برداری از واحدهای تقطیر ۳ و گاز مایع ۳ به منظور رفع تنگناهای عملیاتی و تولید محصولات میانی و نهایی با کیفیت مرغوب، پروژه نصب مشعل سوم و چهارم با هدف پیشگیری از احتراق ناقص در دو فلر موجود در مواقع اضطراری، راه اندازی بازوهای بارگیری فرآورده های نفتی با آخرین تکنولوژی روز دنیا ضمن رعایت نکات ایمنی و زیست محیطی، راه اندازی پروژه گرانوله سازی گوگرد جامد تولیدی.